Lisansüstü programlar enstitüler tarafından yürütülür. Yüksek lisans (master) programlarıın normal süresi iki yıldır ve program bitirildiğinde yüksek lisans derecesi alınır. Bazı bölümlerde Tezsiz Yüksek Lisans Programı, bazı bölümlerde ise ikinci öğretim Tezsiz Yüksek Lisans Programı seçenekleri vardır. Doktora programlarının normal süresi 4 yıldır ve program bitirildiğinde doktora derecesi alınır.

* Verilen Dereceler
(1)
 Tezli
(2) Tezsiz
(3) İkinci Öğretim Tezsiz Program

Fen Bilimleri Enstitüsü
Program Verilen Dereceler*
Arkeometri M.S. (1,2) Ph.D
Bilgisayar Mühendisliği M.S. (1,3) Ph.D.
Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi M.S. (1) Ph.D.
Biyokimya M.S. (1) Ph.D.
Biyoloji M.S. (1) Ph.D.
Biyomedikal Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Biyoteknoloji M.S. (1) Ph.D.
Bölge Planlama M.C.P. (1)  
Çevre Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Çevre Yönetimi M.S. (3)
Çimento Mühendisliği M.S. (1,2)  
Deprem Çalışmaları M.S. (1)  
Elektrik ve Elektronik Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Endüstri Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Endüstriyel Tasarım M.S. (1) Ph.D
Fen Bilimleri Eğitimi M.S. (1) Ph.D
Fizik M.S. (1) Ph.D.
Gıda Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Havacılık ve Uzay Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Hidrosistem Mühendisliği M.S. (3)  
İnşaat Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
İstatistik M.S. (1,2) Ph.D.
İş Sağlığı ve Güvenliği M.S. (1,2)  
Jeodezi ve Coğrafik Bilgi Teknolojileri M.S. (1) Ph.D.
Jeoloji Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Kentsel Tasarım M.C.P. (1)  
Kimya M.S. (1) Ph.D.
Kimya Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Maden Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Makina Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Matematik M.S. (1,2) Ph.D.
Matematik Eğitimi M.S. (1) Ph.D.
Mekanik Tasarım ve İmalat M.S. (3)  
Metalurji ve Malzeme Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Mikro ve Nanoteknoloji M.S. (1) Ph.D.
Mimarlık M.ARCH. (1) Ph.D.
Mimarlıkta Sayısal Tasarım ve Üretim Teknolojileri
(ODTÜ - TU Delft Uluslararası Ortak Yüksek Lisans Programı)
M.S. (1)  
Moleküler Biyoloji  ve Genetik M.S. (1) Ph.D.
Mühendislik Bilimleri M.S. (1) Ph.D.
Mühendislik Yönetimi M.S. (3)  
Nörobilim ve Nöroteknoloji
(ODTÜ - Hacettepe Üniversitesi Ortak Doktora Programı)
Ph.D.
Orta Öğretim Fen ve Matematik Alanları Eğitimi M.S. (1,2) Ph.D.
Petrol ve Doğal Gaz Mühendisliği M.S. (1) Ph.D.
Polimer Bilim ve Teknolojisi M.S. (1) Ph.D.
Kültürel Mirası Koruma M.S. (1) Ph.D.
Şehir Planlama M.C.P. (1)  
Şehir ve Bölge Planlama   Ph.D.
Yapı Bilimleri M.S. (1) Ph.D.
Yapı Mekaniği M.S. (3)  
Yazılım Mühendisliği M.S. (3)  
Yer Sistem Bilimleri M.S. (1,2) Ph.D.
Yöneylem Araştrması M.S. (1) Ph.D.
Sosyal Bilimler Enstitüsü
Program Verilen Dereceler*
Aile Psikolojisi M.S.(3)  
Asya Çalışmaları M.S. (2)  
Avrasya Çalışmaları M.A. (1,2)  
Avrupa Bütünleşmesi M.S. (3)  
Avrupa Çalışmaları M.S. (1,2)  
Beden Eğitimi ve Spor M.S. (1) Ph.D.
Bilim ve Teknoloji Politikası Çalışmaları M.S. (1,2) Ph.D.
Bölge Çalışmaları   Ph.D.
Eğitim Bilimleri M.S. (1) Ph.D.
Eğitim Programları ve Öğretim M.S. (1) Ph.D.
Eğitim Yönetimi ve Planlanması M.S. (1) Ph.D.
Eğitimde İnsan Kaynaklarını Geliştirme M.A. (3)  
Endüstri ve Örgüt Psikolojisi M.S. (2)  
Felsefe M.A. (1) Ph.D.
İktisat M.S. (1,2) Ph.D.
İlköğretim   Ph.D.
İlköğretim Fen ve Matematik Eğitimi M.S. (1)  
İngiliz Dili Öğretimi M.A. (1) Ph.D.
İngiliz Edebiyatı M.A. (1) Ph.D.
İşletme M.B.A. (1,2) Ph.D.
Kentsel Politika Planlaması ve Yerel Yönetimler M.S. (1,2) Ph.D.
Latin ve Kuzey Amerika Çalışmaları M.S. (1, 2)  
Medya ve Kültürel Çalışmalar M.S. (1,2,3)  
Mimarlık Tarihi M.A. (1) Ph.D.
Okul Öncesi Eğitimi M.S. (1) Ph.D.
Orta Doğu Araştırmaları M.S. (1,2)  
Psikoloji M.S. (1) Ph.D.
Psikolojik Danışmanlık ve Rehberlik M.S. (1) Ph.D.
Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi M.S. (1,2) Ph.D.
Sosyal Antropoloji M.S. (1)  
Sosyal Bilimler (Türk-Alman)
(ODTÜ-Humboldt Çift Diploma Programı)
M.A. (2)  
Sosyal Politika M.S. (1,2)  
Sosyoloji M.S. (1,2) Ph.D.
Tarih M.A. (1) Ph.D.
Toplumsal Cinsiyet ve Kadın Çalışmaları M.S. (1,2)
Uluslararası İlişkiler M.S. (1,3) Ph.D.
Uygulamalı Etik M.S. (3)  
Yerleşim Arkeolojisi M.S. (1) Ph.D.
Yöneticiler için İşletmecilik M.B.A. (3)  
Deniz Bilimleri Enstitüsü
Program Verilen Dereceler*
Deniz Bilim (Oşinografi) M.S. (1) Ph.D.
Deniz Biyolojisi ve Balıkçılık M.S. (1) Ph.D.
Deniz Jeolojisi ve Jeofiziği M.S. (1) Ph.D.
Enformatik Enstitüsü
Program Verilen Dereceler*
Bilişim Sistemleri M.S. (1,2) Ph.D.
Bilişsel Bilimler M.S. (1,2) Ph.D.
Biyoenformatik M.S. (1)  
Internet Üzerinden Bilişim M.S. (3)  
Modelleme ve Simulasyon M.S. (3)  
Çokluortam Bilişimi M.S. (1) Ph.D. 
Tıp Bilişimi M.S. (1,2) Ph.D.
Siber Güvenlik M.S. (1,2)
Veri Bilişimi M.S. (1)
Yazılım Yönetimi M.S. (3)  
Uygulamalı Matematik Enstitüsü
Program Verilen Dereceler*
Aktüerya Bilimleri M.S. (1,2)  
Bilimsel Hesaplama M.S. (1,2) Ph.D
Finansal Matematik M.S. (1,2) Ph.D
Kriptografi M.S. (1,2) Ph.D.
ODTÜ Kuzey Kıbrıs Kampusu
Program Verilen Dereceler*
Bilgisayar Mühendisliği M.S (1)
Elektrik ve Elektronik Mühendisliği M.S (1)
İngilizce Öğretmenliği M.A. (1)  
Makina Mühendisliği
Siyaset Bilimi & Uluslararası İlişkiler M.S (1)  
Sürdürülebilir Çevre ve Enerji Sistemleri M.S (1)